La faune et la flore sont d'une richesse insoupçonnée. La Colombie a crée 42 parcs nationaux, réserves et zones protégées qui se repartissent en 2 réserves naturelles, 33 parcs, 6 sanctuaires de faune et de flore, une zone unique 'area unica), pour une superficie totale de 9 millions d'hectares, soit près de 9% du territoire. Le plus vaste des parcs, celui de la Sierra Nevada de Santa Marta couvre 383.000 hectares. 15 % du biotope de toute la planète s'y trouvent concentrés, soit (entre autres) 49.000 espèces végétales différentes, dont près de 20.000 sont endémiques. Parmi ces dernières, citons la palma de cera, le plus haut palmier du monde qui atteint 60 m de hauteur. Il est l'arbre national. Le pays est en outre extrêmement riche en variétés d'orchidées (plus de 3.000) dont la plus connu est la cattleya devenue fleur nationale. Les terres de paramos, à plus de 3.000 m, et leur flore tout à fait particulière sont essentiellement concentrées en Colombie, à hauteur de 57%. Dans le pays on dénombre 3.000 espèces de vertébrés, 1.754 espèces différentes d'avifaune, 358 mammifères. 15% des primates recensés sur la planète vivent en Colombie, 18% des oiseaux. Dans le rio Magdalena on a répertoriées 258 espèces aquatiques pour 150 dans le Cauca. Sur un hectare de forêt on a recensé 1.500 variétés de plantes florales et 750 arbres différents, 450 espèces d'oiseaux, 150 de papillons, 100 de reptiles et 60 d'amphibiens, ainsi que 8.000 insectes différents.