Yoann,
j´ai moi aussi une petite entreprise imposée sous le régime de Simples Nacional. L´idée de l´impôt est justement de tout regrouper en un seul impôt, donc tu ne payes que ça + les charges sociales.
Tu es imposé sur ton chiffre d´affaires, pas sur les bénéfices. Pour les services, ça dépend de quel type de service, mais pour un CA de R$ 240 000 ça tourne autour de 7/8%. L´impot est dû mensuellement. Tu as un simulateur en ligne qui te permettra d´avoir une idée: http://www.simulador.leigeral.com.br/
Pour tes employés, tu payes effectivement les charges sociales comme tu le décrit, la prime nourriture dépend de toi (je paye R$ 9,00/jour) et la prime transport couvre en principe le coût du transport de ton employé de chez lui jusqu´au bureau. Tu peux aussi offrir un plano de saude ou odonto. Je paye 80% du plan et l´employé 20% et l´inverse s´il veut y inclure des membres de sa famille.
Maintenant si tu recevras tes paiments de tes clients de France, regarde ça avec soin, car je ne sais pas comment ce sera imposé et ton CA normalement est calculé à partir des notas fiscais emises pour recevoir le paiement des services rendus, et ces documents ne peuvent être émis que pour des personnes juridiques brésiliennes.